Поставлен на государственную охрану Указом Президента Российской Федерации от № 176 от 20.02.1995 г.

Одним из самых оригинальных памятников архитектуры Оренбурга является здание «Гауптвахты». Построено во время второго правления Оренбургского генерал-губернатора Василия Алексеевича Перовского (1851-1857 гг.). Историограф Оренбурга П.П. Столпянский писал в XIX веке: «Город Оренбург обязан Перовскому построением чуть ли не трёх четвертей настоящих зданий: Караван-Сарай, Контрольная палата, Общественное собрание, дом Казённой палаты, казармы – всё построено при Перовском. При Перовском же было обращено серьёзное внимание и на благоустройство города».

В 1854 г. первоначальный проект «Гауптвахты» был отклонён и направлен на доработку для «придания фасаду более приличного вида». Тогда был разработан новый «Проект на строительство каменного архива и денежной кладовой», который и был одобрен в январе 1855 г. Автор проекта точно не установлен. На башне были установлены часы «таможенного ведомства», ранее находившиеся на Гостином дворе в Оренбурге.

Строительство здания было закончено в 1856 г., о чём свидетельствует надпись на главном (западном) фасаде.

Здание бывшей гауптвахты было запроектировано и построено в романтическом стиле «неоготика» (или «псевдоготика») русской эклектики второй половины XIX века. Наружная отделка выполнена из старинного «поливного» (покрытого высококачественной глазурью) кирпича.

Гауптвахта размещалась в здании по улице Набережной, д. 29 до конца 1970-х гг. Много замечательных и выдающихся людей побывало в этом здании. Здесь во время учёбы в Чкаловском (с 1956 г. Оренбургском) высшем военном авиационном училище (в 1953-1957 гг.) неоднократно отбывал наказания будущий первый космонавт планеты Юрий Алексеевич Гагарин.

В 1978 г. здание гауптвахты передано Оренбургскому областному краеведческому музею. С этого времени начинается воссоздание этого памятника архитектуры XIX века. С 1988 г. в здании располагается Музей истории города Оренбурга.